科技部在以后怎么做？
先给结论，我的观点是，现在的学术界确实有些问题，但是主要的问题不在科技部。 对于科研评价和奖励体系我没有什么好说的，这个圈子外的人本来也就很难了解内情。但如果说对基础研究的定位和发展方向有什么想法的话，那我坚持认为基础研究的主要作用是在发现新的科学问题、提出新的理论框架、建立新的研究方法，为知识的增长开辟道路，而不是直接或者主要产生应用价值。当然，这一点我也同意在现有的评价体系下很难做到，甚至不可能做到。所以这个问题也是无解。
我比较关心的是科技部的其他职能，也就是对战略产业、区域发展等发挥的职能。在这些领域，我认为现在的问题是供给和需求的关系没有处理好。简单来说就是，在某个时间点，某项技术虽然具有很大的潜在市场（比如物联网），但是因为其处于早期开发阶段，因此政府不能完全按照市场的机制进行推动，而应该采取一些政策性的措施（包括财政的支持、法律的规范等等）施加影响引导产业发展。相反，当一项技术已经成熟并且即将广泛运用的时候（比如移动互联网)，虽然其潜在的市场巨大，但政府却不宜过度干预，而应当让市场发挥作用。目前看来，无论是战略性新兴产业还是区域发展，都出现了政府之手力度过大、市场之力明显不足的现象，从而导致资源的错配和企业的亏损。在这方面，我个人认为商务部做的不错，尤其是在推进国际贸易中的知识产权保护方面。希望未来能继续加强。
P.S 有人提到行政权力过大问题。这个问题存在，而且是一个很严重的问题。但我个人认为这是体制问题，不属于科技部部长能够解决的范围。